吸收波长和发射波长

化学结构

Cy3和Cy5都含有连接两个含氮杂环的聚乙炔链。然而，聚乙炔桥的长度和环上的特定取代基不同，这解释了它们不同的光学特性。

应用

• Cy3 通常用于标准荧光应用，如荧光显微镜、流式细胞术和微阵列分析，其中可见光范围内的检测就足够了。
• Cy5 由于其较长波长的发射，在需要降低背景荧光或加深组织穿透的应用中是首选的，例如；体内成像,多重荧光测定,以及涉及自体荧光样本的研究。

与检测设备的兼容性

• 大多数标准荧光仪器都配置为检测可见光范围内的信号，使Cy3广泛兼容。
• Cy5需要能够捕获远红色荧光的检测系统，这在所有设置中可能都不可用。

光稳定性

这两种染料的设计都是相对耐光的；然而，它们的性能可能因环境因素而异，如光照、氧气水平和周围介质。

结论

虽然Cy3和Cy5与菁染料具有相似的化学基础，但它们在光谱特性和应用适用性方面的差异使其适合不同的实验需求。两者之间的选择取决于所使用的检测系统、生物样本的性质和实验的具体目标。